Nel presbiterio, sovrastato da una volta a crociera decorata con motivi vegetali nel 1905 ex magno pietatis opere, si possono ammirare due tele: una nel lato destro, che raffigura San Leonardo di Noblat mentre intercede per la liberazione dalle catene del maligno, e l’altra nella parte opposta, raffigurante la Madonna della Sapienza (entrambi provenienti da chiesette non più esistenti).
Nella cappella laterale sinistra invece, dedicata a San Giuseppe, era situato il ciborio del SS. Sacramento del 1494, probabile opera di mastro Giorgio da Milano, anche quest’ultimo divelto e trasportato alla nuova Matrice alla fine del sec. XIX.
La statua lignea dorata di San Giuseppe invece, proviene da una chiesetta omonima che si trovava in passato nell’area del castello. Tale immagine, scolpita da Francesco Reyna e dipinta da Vincenzo Di Giovanni (gli stessi autori della statua di Sant’Andrea Apostolo nell’omonima chiesa) fu commissionata da Antonino Mogavero verso gli anni ottanta del sec. XVII (Scileppi, op. cit.). All’interno della medesima cappella si trovano due tele che raffigurano rispettivamente l’Ultima Cena e Gesù Bambino sulla riva di un fiume che pesca i cuori (entrambi del 1767).
Altre due piccole tele, a forma ovoidale, si trovano alle spalle di San Giuseppe: nel lato destro il Cuore di Gesù (dove si legge ex devotione magister Dominici De Maio, anno 1767), in quello sinistro il Buon Pastore dello stesso stile dell’altra.
La presenza di queste due tele, raffiguranti soggetti cristologici-eucaristici, danno conferma che nel catino absidale della medesima cappella, vi fosse collocata la marmoria custodia eucaristica oggi ammirabile nella Cappella del SS. Sacramento della Matrice Nuova. L’edificio chiesastico ospita diverse cappelle con relative immagini sacre.
Nella parete del lato destro, accanto alla piccola statua di Santa Caterina da Siena, vi è la cappella con una tela raffigurante San Domenico, il fondatore dell’Ordine dei Predicatori. Più avanti vi è la cappella con la statua lignea, presumibilmente della fine del cinquecento, raffigurante la Madonna del Soccorso detta “Madonna della mazza”, proveniente da un’omonima chiesa ubicata nel quartiere di lo spitali ma oggi non più esistente.
Segue una piccola immagine dell’Arcangelo Michele e un pulpito di legno pregiato che sullo schienale reca scolpito lo stemma dei Signori Ventimiglia. Così, come nel piulpito della chiesa Madre, anche qui vi è un braccio sporgente che regge in mano un prezioso Crocifisso d’avorio del sec. XVII con un cartiglio in cui vi è la scritta – I.N.R.I. Gesù Nazareno Re dei Giudei – in tre lingue: latino, greco ed ebraico.
Nella parete del lato destro è dedicata a scene della Passione del Signore: la cappella con la tela raffigurante la Flagellazione di Cristo alla colonna, fatta realizzare da Maria Culotta nel 1719; la cappella del Crocifisso con ai piedi la Vergine Addolorata e infine, l’Urna con il Cristo morto dalle braccia snodabili, statua lignea della seconda metà del seicento, attribuibile ai maestri della scuola di Frate Umile da Petralia.
Sopra l’urna vi è una tela che ritrae la Deposizione di Cristo dalla Croce, stilisticamente molto simile alle opere del Caravaggio con i tipici giochi del chiaroscuro. In passato – come si evince da antichi documenti del clero di Gratteri custoditi all’Archivio di Sato di Palermo – vi era anche un altare dedicato a San Lazzaro e Santa Maria Maddalena, di cui ancora oggi si conserva una piccola tela, imitazione di quella ritrovata del Caravaggio.
Sopra il portone dell’ingresso infine, vi è una cantoria lignea che ospita il più antico organo custodito a Gratteri, quello realizzato nel settecento. Accanto alla chiesa, dentro la cinta dello scomparso castello dei Ventimiglia, sorge una torre campanaria con una cuspide ottagonale che ospita sette campane di diversa grandezza (provenienti da diverse chiese), rinnovata nel 1936 dall’emerito cittadino Carmelo Cirincione.
Una di queste campane reca la data del 1390; un’altra quella del 1587, fatta realizzare per devozione a San Leonardo da Pietro e Carlo Ventimiglia; quella del Rosario venne realizzata nel 1712. Nella chiesa vi hanno sede le due Confraternite più antiche di Gratteri: quella del SS. Sacramento, sotto il titolo di San Giuseppe, e quella della Madonna del Rosario fondata nel 1570.